Her ameliyatın riski bulunmaktadır. Osteoid Osteoma tümör ameliyatının riskleri şu şekilre sıralanabilir.
Bütün cerrahi işlemlerde olduğu gibi Osteoid Osteoma ameliyatında da enfeksiyon riski bulunmaktadır.
Osteoid Osteoma tümörünün çok küçük olması nedeniyle açık cerrahide tümörün bulunamaması ihtimali bulunmaktadır.
Tümörle birlikte çıkartılan kemik miktarının fazlı olması kemik kırığı riskine neden olabilmektedir. Geniş kemik defektinin olduğu ameliyatlarda kırığın önüne geçebilmek için bölgeye vida veya platin yerleştirilebilir..
Tümörün bulunduğu bölgenin damar ve sinirlere yakın olması halinde damar ve sinirlerin hazar görme riski bulunmaktadır.
Ancak bu tür ameliyatlarda kullanılan yüksek teknolojik cihazlar bu riskleri neredeyse tamamen ortadan kaldırmaktadır. Bilgisayarlı Tomografinin ameliyathane ortamında kullanılabilmesi olanağını sağlayan O-Arm teknolojisi Osteoid Osteoma ameliyatlarındaki risklerini sıfıra yakına indirmektedir.